10.1.4 DNA의 농도 및 순도 확인과 농축

DNA 원액의 농도는 DNA 원액을 TE 완충용액(pH 8.0)으로 적절히 희석한 후 분광광도계를 사용하여 260 nm에서 흡광도(Absorbance, A)를 측정하고, 그 값이 1일 때 DNA 농도가 50 ng/μL인 것으로 하여 계산한다. 한편, 추출된 DNA의 순도를 확인하기 위하여 230, 260, 280 nm에서 흡광도를 각각 측정한다. A260/A280과 A260/A230이 1.7～2.0일 경우 PCR에 적합한 DNA로 판단한다. 다만, 가공식품의 경우 이러한 순도 적용이 어려운 경우가 있으므로 반드시 적용되는 것은 아니다. 만일 A260/A280이 낮아 단백질 유래 불순물의 혼입이 우려되는 경우 단백질 분해효소(protease)로 처리한 후 DNA를 회수하며, A260/A230이 낮을 경우 전분 분해효소(amylase)로 처리한 후 DNA를 회수하여 PCR에 사용한다.

DNA 원액에 대한 DNA 농도로부터 PCR에 필요한 DNA 농도가 되도록 TE 완충용액(pH 8.0) 또는 멸균증류수로 희석하여 잘 흔들어 섞은 후 spin down한 것을 PCR용 DNA로 하고, 20μL씩 0.5 mL 튜브에 분주하여 -20℃ 이하에서 냉동 보존한다. 소분 보관 중인 PCR용 DNA는 사용 전 실온에서 서서히 녹여 잘 흔들어 섞은 후 spin down하여 사용하고, PCR 후 남은 용액은 재사용하지 않고 폐기한다. 또한 DNA 원액의 농도가 PCR에 필요한 농도보다 낮을 경우 재추출하고, 그래도 PCR에 필요한 농도보다 낮을 경우 원액을 PCR용 DNA로 사용하거나 다음과 같은 농축과정을 실시하여 사용한다.

추출 DNA 원액의 농축은 시중에 판매되고 있는 DNA 농축킷트를 사용하거나, 다음과 같은 방법에 의한다. 3 M 초산나트륨 (pH 5.2)을 DNA 용액량의 1/10배 (10 M 초산암모늄을 사용할 경우에는 1/5배를 첨가)를 첨가하고 차게 한 에탄올을 2배량 가한 후 12,000G에서 15분간 원심분리한다 (이소프로판올을 사용할 경우에는 1배량을 첨가한 후 상온에서 원심분리한다). 원심분리 후 상층액은 버리고 염(salt)을 제거하기 위하여 침전물을 70% 에탄올로 세척하고, TE 완충용액(pH 8.0) 또는 멸균증류수 적당량으로 녹인 후 사용한다.

최초의 DNA 원액이 소량일 경우에는 멸균증류수를 사용하여 시작량을 300～400μL로 한 후 농축해도 무방하다.